│水雉繁殖期│
台南地區水雉調查期間，會請調查員至可能有水雉出現的區域進行調查。在水雉繁殖期，水雉會有領域性，而在七月時水雉的領域大致底定，所以會利用一個禮拜的時間進行調查，並分辨水雉的成鳥公母、雛鳥數及卵數等。
│水雉非繁殖期│
繁殖季過後當年出生的雛鳥已紛紛長成幼鳥，水雉轉為群聚覓食。冬季的調查不分成幼公母，而是直接紀錄看到的水雉數目，方式較簡單，因此冬季調查會號召全台鳥友，在半日內進行全台南的水雉調查。這個調查可以讓我們知道繁殖季結束後的水雉族群數量。冬季的水雉除了菱角田，也會到其他的地方尋找食物，我們也可以透過冬季的調查，知道冬季水雉偏好的棲地類型。
如果對冬季的水雉大調查有興趣，歡迎至「菱角鳥大調查」網站→菱角鳥大調查網站
│全台水雉調查│
目前的全台水雉調查，則是請全台各地的鳥友，在7/15~8/15水雉繁殖期間進行水雉目擊回報。在水雉可能出現的棲地進行地毯式搜索，若有看到水雉則透過「台南以外，全台水雉調查」google表單或至eBird進行回報。透過回報可以讓我們知道除了台南以外，水雉還會在哪裡繁殖。